Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:

• obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,
• specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i  zwierząt.

Obszary Natura 2000 zajmują łącznie 4503 ha co stanowi 24% powierzchni Nadleśnictwa Złotów
Na terenie Nadleśnictwa występują 3 obszary Natura 2000

Obszar specjalnej ochrony Puszcza nad Gwdą (PLB 300012)

• Powierzchnia całkowita obszaru: 77 678,9 ha
• Powierzchnia w zarządzie Nadleśnictwa Złotów: 3213,52 ha
• Cele (przedmioty) ochrony obszaru występujące na terenie Nadleśnictwa Złotów: gągoł (Bucephala clangula), żuraw (  Grus grus  ), włochatka ( Aegolius funereus ), zimorodek ( Alcedo  atthis ), dzięcioł c zarny (Dryocopus martius), lelek  (Caprimulgus europeus), lerka (Lullula arborea) 

     Obszar Natura 2000 Puszcza nad Gwdą to rozległy kompleks leśny obejmujący w większości bory sosnowe, a na zboczach i dnach dolin – lasy liściaste i mieszane. Obszar charakteryzuje silnie urozmaicona, postglacjalna rzeźba terenu przyczyniająca się do zróżnicowania siedlisk oraz bogactwo jezior, głownie eutroficznych, ale również mezotroficznych i dystroficznych, z cennymi gatunkami i zbiorowiskami roślinnymi, o powierzchni od kilku do kilkuset ha. W obniżeniach terenu i wzdłuż rzek występują torfowiska zasadowe, nakredowe, przejściowe i zdegradowane torfowiska wysokie oraz inne tereny podmokłe. Obszar występuje w zachodniej części Nadleśnictwa Złotów na terenie leśnictw: Plecemin, Augustowo i Paruszka.

Obszar mający znaczenie dla Wspólnoty Uroczyska Kujańskie (PLH300052)

• Powierzchnia całkowita: 1 018,2 ha
• Powierzchnia na terenie Nadleśnictwa Złotów: 768,45 ha
• Cele (przedmioty) ochrony obszaru występujące na terenie Nadleśnictwa Złotów oraz powierzchnia siedlisk: kumak nizinny (Bombina bombina), bóbr europejski (Castor fiber), wydra (Lutra lutra)

Typy siedlisk przyrodniczych występujących na terenie obszaru PLH300052 Uroczyska Kujańskie

oraz na gruntach Nadleśnictwa Złotów

     Obszar zatwierdzony Decyzją Komisji Europejskiej z dnia 18 listopada 2011 r., w sprawie przyjęcia piątego zaktualizowanego wykazu terenów mających znaczenie dla Wspólnoty, składających się na kontynentalny region biogeograficzny.
      Obszar znajduje się w Borach Kujańskich, kompleksie leśnym otaczającym miejscowość Kujan i jezioro Borówno na Pojezierzu Krajeńskim. Ostoja charakteryzuje się krajobrazem leśno-jeziorno-łąkowym, w której jeziora zajmują najgłębsze zwykle miejsca rynien subglacjalnych związanych ze zlodowaceniem bałtyckim, łąki – równiny akumulacji biogenicznej w ich obrębie, bądź dna dolin wód roztopowych, natomiast lasy – porastają w głównej mierze równiny sandrowe. Najcenniejsze typy lasów – kwaśne dąbrowy i grądy występują zwykle na obrzeżach rynien subglacjalnych, a lasy i bory bagienne zajmują terasy przyjeziorne lub zarośnięte jeziora. Spotyka się tu przykłady bardzo dobrze funkcjonujących torfowisk źródliskowych i przejściowych. Na obszarze występują jeziora ramienicowe, dystroficzne i eutroficzne. Na terenie Nadleśnictwa obszar występuje w kompleksie Bory Kujańskie w leśnictwach: Wierzchołek, Potok i Kujan.

Obszar mający znaczenie dla Wspólnoty Dolina Łobżonki PLH300040

• Powierzchnia całkowita: 5 894,4 ha
• Powierzchnia w zarządzie Nadleśnictwa Złotów: 521,36 ha
• Cele (przedmioty) ochrony obszaru występujące na terenie Nadleśnictwa Złotów oraz powierzchnia siedlisk: kumak nizinny (Bombina bombina), bóbr europejski (Castor fiber), wydra (Lutra lutra),

Typy siedlisk przyrodniczych występujących na terenie obszaru PLH300040 Dolina Łobżonki

oraz na gruntach Nadleśnictwa Złotów

     Obszar zatwierdzony Decyzją Komisji Europejskiej z dnia 18 listopada 2011 r., w sprawie przyjęcia piątego zaktualizowanego wykazu terenów mających znaczenie dla Wspólnoty, składających się na kontynentalny region biogeograficzny.
      Obszar chroni rzekę Łobżonkę (Łobzonkę) wraz z fragmentami dopływów – Lubczą i Orlą oraz tereny do nich przyległe, stanowiąc jeden z najcenniejszych obszarów przyrodniczych na Krajnie (Pojezierzu Krajeńskim). Osią obszaru jest około 60 kilometrowa dolina rzeki Łobżonki od okolic Białobłocia i Lutówka aż po dolinę Noteci (poniżej Osieka n/Notecią). W rzekach dominuje żwirowo-piaszczysty charakter dna i żwawy nurt nawiązujący do rzek podgórskich. Ostoję wyróżnia obecność bogatych florystycznie, właściwie wykształconych grądów w odmianie krajeńskiej oraz znaczne powierzchnie ekstensywnie użytkowanych łąk.
Na terenie Nadleśnictwa Złotów obszar występuje we wschodniej części wzdłuż doliny Łobzonki w granicach leśnictw: Wierzchołek, Potok, Rudna, Witrogoszcz i Łobzonka.